火影中还有叛忍，特指那些因为犯罪、反叛、迷茫、私人利益、堕落等各种复杂原因，而选择离开、否定自身原属忍者村的忍者。
叛忍分为多种等级，最具危险与威胁的叛忍多被判定为S级。S级叛忍一般忍术、体术、武器或心理素质等综合能力较好，实力多达到上忍级、影级或以上。由于各忍村会设置暗部绞杀叛忍，所以叛忍通常不愿或不敢回到故乡，他们的最终命运很少有善终的，多为命丧他乡。
叛忍一般是死罪或终身监禁，但后期叛忍选择赎罪且将功补过，同时获得忍村影的特赦条件，仍旧有获得行动自由的机会。如宇智波佐助、大蛇丸、药师兜等。
叛忍逃离忍村各有各的目的，可能是为了逃避责任、犯下罪过、受他人影响而人格逐渐堕落、遭人怂恿甚至是受人操控。他们通常身上带有或曾接触原忍村的重要机密，这类机密一旦外泄至其他忍村，不仅村里的忍术具有随时被偷学或破解的风险，还可能威胁到整个忍村的安危，所以一定会受到原忍村忍者的追捕或通缉。
每个忍村都有暗部，叛忍基本上由暗部进行追杀。
叛忍组织
1、音隐之村
由大蛇丸创立的村子，曾经联合砂隐村图谋破坏木叶、诱导宇智波佐助走向叛变、以及导致三代火影壮烈牺牲。该村主要成员有药师兜、音忍五人众等人。根据《博人传》剧情，该村后来开始建立周边友好关系。
2、晓组织
“晓”，一个由S级叛忍组成、实行月之眼计划的神秘组织，是在第三次忍界大战后、第四次忍界大战前中最强大的叛忍组织。成员身穿绣着红云的黑色风衣，护额上有一道划痕，表示对原属村强烈的否定。平时执行任务时两人一组一起行动。两任首领分别为弥彦和长门，最初目的是为了给自己的国家带来和平，后弥彦的死亡导致长门堕落，长门对晓进行了改革。长门死后带土则成了“晓”的首领，大战后期，随着黑绝阴谋的浮现和大筒木辉夜的复活，晓组织沦为复活辉夜的棋子，带土和宇智波斑相继殒命，晓组织在悲剧色彩中完全灭亡。
3、鹰小队
曾用名“蛇”。一个由宇智波佐助领导组建的小团体，最初目标为杀死宇智波鼬，后改成摧毁木叶村乃至整个忍界，进行一场彻底的忍界革命。主要成员为鬼灯水月、香燐、重吾等。该团队曾与晓组织合作，破坏五影大会、刺杀团藏、封印大筒木辉夜、企图灭杀五影、重塑整个忍界。后因佐助醒悟而解体。
龙哥催促道：“好了，我们别在这里磨蹭了，赶紧去做多人副本吧。”
小李子问道：“对了，我们做什么难度的呢？简单，普通还是困难？”
多人副本难度分为这几种：
简单——普通——困难——噩梦——炼狱——轮回
吴寒月笑着说道：“要做就做最难的，咱们做轮回难度的副本怎么样？”
小李子头摇的跟拨浪鼓一样：“拉倒吧，轮回难度也太离谱了，到时候怎么死的都不知道，我看就普通或者困难就挺好的。”
吴寒月开口道：“可是轮回难度奖励非常丰富啊，不管是经验还是物品掉落率都相当惊人，难道你对它们不感兴趣吗？”
小李子摇了摇头：“不是不感兴趣，我知道自己有几斤几两，这种级别的副本不是我能碰的。”
吴寒月拍了拍小李子的肩膀：“你别说这么丧气的话，有我在呢，你有什么可怕的？龙哥，你怎么看？”
龙哥撇了撇嘴：“既然你都信誓旦旦的说了，那我也没什么意见，反正进入副本里就看你的了，我跟小李子也就帮你打打辅助。”
吴寒月笑了笑：“你好歹也成了圣斗士，别这么胆小嘛。”
龙哥苦笑道：“虽然我是圣斗士，但是轮回难度的敌人实力强的离谱，我怕被一巴掌拍死，这可不是游戏，在现实里死了是真的死了，是没办法复活的。”
吴寒月说道：“好啦好啦，我们赶紧走吧，有我在有什么可怕的?”
小李子咬了咬牙，答应了下来：“好吧，既然你质疑要做轮回难度的副本，我们就奉陪到底。”
吴寒月笑着说道：“这才对嘛，怂什么怂，干就完事儿了。”
就这样，三人一边走一边闲聊，很快便来到了龟仙人那里。
吴寒月主动招呼道：“武天老师，好久不见了。”
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