中国古代五大玄学秘术体系山、医、命、卜、相中，茅山法术属于仙之一脉的秘术，是将自然力量仪式化和神秘化之后的产物，是道教所衍生出的一种实用性的方法。祝由术则是医道的一种秘术，这种秘术据说也有念咒做法治病救人的功效。
但祝由术和茅山法术在治病救人的方法论上，有着根本性的不同。
关于祝由术的由来，据说起源于远古三皇五帝时期，当年轩辕黄帝见百姓受到疾病困扰，而那些妖气与邪气趁着人虚弱之际，蚕食人们的魂魄与血肉，使得人类无法走出疾病的困扰，于是，黄帝命手下大臣设“祝由”这一官职。
担任这个官职的人，是一群精通玄学和医术的人，这群人搜集百病的起源，并归纳总结出一套治病救人的方案。
当年黄帝与蚩尤大战之时，九天玄女曾经赐予天地运行的奥秘，这些担任祝由的官员们，就凭借着对于天地大道的体悟与观察，创造出了一套基于玄学理论，并通过实践与推理得到的医道秘术。
据说这种秘术可以通过文字化为符咒，来达到驱除疾病，安神招魂的目的，这种文字符咒，据说当时有一百七十道，这种秘术流传下来，就被称之为祝由术。
后来，中医体系逐渐的建立，实践之中得到的经验又由张仲景、陶弘景、孙思邈、华佗、扁鹊等中国古代医师不断的总结归纳，优化之后，形成了中医理论体系。而祝由术的内容，也被拆开，融入了中医理论体系，其中神秘的秘术在流传之中也就失传了。
直到宋朝之时有节度使受命治理黄河，在清理黄河河道之时，发现了一个刻印着奇异文字的石碑。
这石碑以巨石整体打造，上面刻有五十八个奇异的文字，这些文字虽然字形像是古体汉字，但识字的人却无法理解文字的含义。
众人好奇，于是争相来观看石碑上的古文字，有的人看完之后，神清气爽，精神百倍，身上的一些顽疾和暗伤竟然慢慢的痊愈了。
而有的人看完之后反而一蹶不振，精神萎靡，不久健康的身体也生出了各式各样的怪病。
于是人们啧啧称奇，将这则传闻传给别人听，正巧这有一个深谙玄门数术的张道士外出游历，听闻了此事便冥冥中心有所感，于是来到黄河边上的巨大石碑之前观摩。
看完之后，张道士对一旁的众人说道，
“此上记载的乃是祝由之术，是当年黄帝一百七十个符咒中的五十八种秘术符咒，有移精变气的功效。但用法若不当，反而会产生疾病，待老道我记下来，诸位再将这石碑埋入这黄河之中，以免误伤好人，或被奸诈之人利用。”
于是这张道士就记载下这五十八个文字，又指引众人，将这石碑重新埋入黄河之中。
张道士后来就将这五十八个祝由术的法咒编订成册，注明各个符咒的用法和功效，然后流传后世，祝由术也因此，在失传之后又得以重新流传。
到了明朝时期，皇帝设太医院，有十三个科室，这第十三个科室，就是祝由科的医道秘术，据说祝由科的秘术实行范围非常广阔，能够缓解病痛，治好小儿夜哭，就连妇女怀孕生子，意外跌打损伤，虫兽的撕咬损伤都可以进行医治。
而且，祝由术延伸起来，还有“满水招财”“化形变鹤”“吹毛变虎”等法术。
不过，也因为祝由术太过于离奇和强大，在古代，只有皇室内的太医院，和道教秘法之中才有流传，民间并未兴起。
清朝乾隆六年，祝由术由官方编订，分成了乾、元、亨、利、贞这五册流传于世，这祝由术五册秘典之中，医道流传的秘术又分为了十三个科目，被称为“太上祝系天医十三科”，分别是大方脉、诸风科、胎产科、眼目科，小儿科、口齿科、诸外科、伤折科、耳鼻科，金簇科、疮肿科、书禁科、砭石科。这十三科，主治疑难杂症，又被称为祝由十三科。
太上祝系天医十三科最神秘的部分，往往由古代中医世家父子或内门弟子间传承，在道教体系之中，也有着隐秘的流传。
这种方式和茅山术的理论有些类似，医师也会如同道士一般严守戒律。
一般要施展祝由术里书禁科神秘的内容，医师先要清净斋戒，然后内心平静，心无杂念，用心专一，然后以正直之身引入天地间神秘的正气，将自轩辕黄帝时期流传而来的符咒画出，这种符咒据说是远古的智者仓颉与天地达成的契约，符咒中的文字本来就有着无与伦比的灵性，符咒之中，以“雨”字为君，以“鬼”字为臣，以“尚”字为将，以“食”字为兵，以其他的字或对症或克制疾病为先锋。
从而能够对症消除疾病，达到康复身体的目的。
古代医师施展祝由术，过程往往很繁琐。
例如“治骨鲠法”这个祝由术。
施展祝由术时，医师要左手以法诀托住水碗，右手食指中指并拢做剑决，在水碗中画下几个符字，然后由施术者念咒，念得是，“碗水化为海滨，喉咙化为万丈深潭。九龙归洞化如泥。喉咙功成之日，名书上清吾奉。太上老君急急如律令”
念完咒，右手再在碗里再画三个字符，然后再念一通咒语，左足和右足分别踏上画出的不同文字，然后，用“雨”和“鬼”两个字组合其他字符，画出来九个字符，这九个字符，被称为“九龙入海”。
到这里还没完，如果卡嗓子的骨头是猪骨头，那么字符要用“雨”“鬼”和“虎”这三个字组合，卡住嗓子的是鸡骨头，就把“虎”字换为“凤”字，如果卡住嗓子都是鱼骨头，就换成“龙”字，然后再将这碗水给患者，患者朝东面喝下去，就可以解决骨头卡嗓子而化脓的问题。
这种在我们现代人看起来比较荒唐的事情，在古人的眼中，却是非常严肃且庄重的仪式。
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