若是杨奉真的如此，今日可反杨赐，他日自是又可反何进，这当然不是何进想要的结果，当下叹了一口气道：“老夫也非是怪你，只是这次的机会甚是难得，何况又是张让发起的进攻，贤侄的一时仁慈差点将自己推入万劫不复之地，须知，在有些情况下，是不需要顾虑太多的。杨赐即便获罪，决计不会丢掉性命，最多只是罢官回家，如此一来，邓盛一人便孤掌难鸣，‘清流’一派就会并入咱们一派之中，咱们的实力便会大增，阉党一派自然不在话下。不过与此相比，贤侄的有情有义更是难得，只是日后若想再有这样的机会就更难了。”
告辞何进之后，杨奉回到了何进为自己安排的住处，看着纤雪和婉露两人忙碌的身影，不禁感叹，何进虽然只是一个屠夫出身，但是在官场上的老练和狠毒甚至远远超过了杨赐，看来何进并不是像历史上记载的那样无能。
在洛阳又呆了两天，杨奉便向何进告辞，回汉中去了。何进知道此间事已了，杨奉也不宜在洛阳久留，于是便让派了两千骑兵在路上保护杨奉的安危。
杨奉刚走了两天，灵帝忽然得到急报，张角之弟张宝自从离开广宗城之后，便占据下曲阳，聚众十万余人，声势浩大。灵帝急忙召见大将军何进、太尉邓盛、太常杨赐商议（本来这件事情以杨赐的太常身份来讲，是没有资格参与的，但是灵帝很清楚杨赐的能力，便破例让杨赐参与），本来大家都认为杨奉是最佳的人选，但是杨奉却已经走了两天，此时再追，已是来不及。
恰在此时，皇甫嵩和天使因未能见到杨奉大军，回京复命，何进便趁机保举皇甫嵩为帅，率军六万进攻下曲阳。六万人马已经是灵帝此时在洛阳能召集的最多人马了，杨奉攻下广宗和经县，手下将士死伤甚多，四万人马只剩下了两万多人。灵帝便从防御京师的军队中抽调了四万人，凑了一支六万的军队交给了皇甫嵩。
皇甫嵩或许不是张角的对手，但是和张宝相比，却是还是略高一筹的，虽然张宝也是一个智勇双全的帅才，更何况这次皇甫嵩还招揽了三个英雄：刘备、关羽和张飞。所以，仅仅一个月的时间，皇甫嵩便攻下了下曲阳，张宝死于关羽的青龙偃月刀下，其手下的十万人马全部被杀，真是血洒下曲阳城，自此之后，皇甫嵩的名字威震天下，大有赶超杨奉的趋势，而刘备、关羽、张飞的名字也开始被他人所知，事后，杨奉知道此事，暗中佩服刘备真是无孔不入。
至此，黄河南北的几支黄巾军主力已先后被官军及地方豪强武装各个击破，但黄巾军余部仍然坚持斗争。中平五年二月，北方黄巾余部在郭太(一名郭大)领导下于白波谷(今山西襄汾永固镇)重举义旗，号为“白波黄巾”，攻太原、入河东(郡治安邑，今山西夏县西北禹王城)，击败董卓大将牛辅的进剿，却被丁原率手下的大将吕布击败，郭太兵败之后自杀。
五月，马相、赵祗自号黄巾，起义于四川绵竹(今四川绵竹东南)，连破辛潼、巴郡、阴平、汶山等郡县，基本控制了益州北部（后文还有详细介绍）；同年十月，青徐黄巾军复起，攻北海。但由于各部义军缺乏统一指挥，各自为战，终被各地豪强各个击破，先后败亡。
黄巾起义是我国历史上第一次在宗教掩护下有组织有准备的一次大规模的农民战争，为后来的历次农民起义提供了宝贵的经验，在中国农民战争史上占有重要地位。黄巾农民起义战争的成功经验，主要表现在以下四点：
第一、它提出了明确的斗争目标，即消灭东汉政权，建立自己的统治，这对号召和团结人民参加起义起到了重要的作用。
第二、利用宗教形式进行起义的宣传和组织工作，麻痹了官府，积蓄了力量，为举行起义作好了比较充分的准备。
第三、起义计划制订得比较周密、具体。所谓“内外俱起”、“八州并发”就反映了这一特点。尽管后来由于叛徒的告密，使这一起义计划的实施遇到很大的困难，但经张角果断处置，它基本上还是得到了落实，从而给东汉王朝以沉重的打击。
第四、斗志坚决，宁死不屈，敢于攻坚，勇于牺牲，以此向天下昭示了起义将士的斗争精神和高尚气节。
但是黄巾农民战争失败的教训同样是非常深刻的。它同所有失败的农民起义一样，没有远大的战略眼光(如陈胜吴广起义、绿林起义、赤眉起义、隋末农民起义、黄巢起义、明末李自成、张献忠农民起义、太平天国运动)，因此提不出更具体的策略方针；它没有建立起后方基地和有组织的战斗部队，因此部队保障受到限制，战斗行动受到掣肘；它缺乏统一的指挥和互相的配合，各自为战，因此造成战区上的孤立、分割态势，以致为敌占优势的主力军所各个击破。
另外，它不懂得在敌强我弱的形势下采取运动战、游击战等机动作战形式的重要性，因此热衷于城池的攻守，将起义军主力胶着于一地，同敌人打硬仗、拚消耗，直至耗尽自己战斗力而被击败。所有这些，都是起义军在战略上和作战指导方面的严重失策，也是直接导致这场轰轰烈烈的农民革命战争失败的原因。
就在皇甫嵩在下曲阳与张宝大战的时候，宛城因杨奉的大军撤走，无人把守，便又被一些黄巾余孽聚众占领，竟然也达到十万之众。宛城黄巾余孽的头领便是昔日张曼成手下的第三号人物孙夏。当日杨奉设计大败赵弘，并且收降了赵弘。因孙夏速与赵弘不合，如今赵弘投降，留守宛城的孙夏听到消息，见事不妙，仓皇逃走，拾得一条性命。现在孙夏见宛城空虚，杨奉又回到汉中，胆子便大了起来，聚众杀回，重新占据宛城。
在大将军何进的举荐下，灵帝命都骑尉曹操前往征讨，由于洛阳已经无兵可派，灵帝只得让曹操在沿途抽调各地官兵，到了南阳之后却也有了五万人马，更有吴郡人孙坚率领三千人马加入，曹操任命其为随军司马，由于孙坚素有“江东猛虎”的美名，使得曹操军势大振。
如今黄巾主力已被逐一消灭，曹操料定孙夏虽然有十万之众，却必然都是乌合之众，不堪一击，于是，来到宛城后，便命令大军攻城。司马孙坚作战果然勇猛异常，率领部众率先登上城头，孙夏见事不妙，仅率领一万多人败走，曹操和孙坚追至西鄂精山，大败孙夏，斩首万余级，孙夏也被孙坚手下大将程普一矛挑死了。
十二月，灵帝大赦天下，改元中平。
因为灵帝是在十二月改元，所以中平元年只有不到一个月的时间，但是就在这短短十多天，发生了一件事情。
豫州刺史王允大破黄巾，得张让的宾客写的书信，大意就是与黄巾私通，王允将书信呈给了灵帝。灵帝大怒，张让没想到这样的证据竟然能到了王允手中，便在灵帝面前磕头谢罪，只是说手下人所为，自己丝毫不知，结果灵帝竟然没有治张让的罪。
后来，张让找了个罪名诬陷王允，王允被蒙入狱，遇到灵帝大赦天下，依然还为刺史；不到十天的时间，在张让等人的刻意陷害之下，王允又因为其他罪名再次入狱。杨赐不愿看到王允蒙冤受屈，于是和太尉邓盛率领“清流”一派的众官以探望王允为由，劝他道：“如今张让势大，皇上甚是宠信，我等不可当面与之敌，如今子师便是张让等人刻意陷害，一月两次入狱，子师不妨忍耐一下，向张让示好，暂解危机，以为东山再起。”其他众人也是顺着杨赐的话相劝王允。
不料王允丝毫不为之动，厉声道：“我王允身为人臣，被皇上下狱，即使是受到张让陷害，但自古忠奸不能两立，更何况大丈夫岂能向阉人求辱乎！”王允说话之间，心中怒极，没想到杨赐也能说出这样的话来，竟将杯子砸向杨赐，杨赐甚是羞愧。
后来，王允的话传到了何进与袁槐的耳中，二人对王允的气节甚是钦佩，于是，在三天后，大将军何进与太尉邓盛、太常杨赐、司徒袁隗共同上疏灵帝，才使得王允得保性命，但是豫州刺史的职位却是终究没能保住，被授以京兆尹的职位。