由于杨奉事先的准备，武都郡和汉中郡并没有落到马相手中，但是却在马相大军的团团围困之下。两军展开了激烈的城池攻防战，由于益州黄巾的主力都压在了武都、汉中两郡，并且率军攻打武都、汉中的还是马相本人，所以情也势并不容乐观。
但是，汉中郡毕竟在杨奉多年的经营下，钱粮甚是充足，而且还有六万的后备大军，坚守两个郡还是不成问题的，何况张任、徐荣、严颜、高顺四人都可以说是三国时期的名将，差得只是一个时机，便能够转守为攻。
相对来说，张乔这边的压力就小很多，本来益州的治所雒县就是城池高大，易守难攻，加上张乔虽然主要精于内政，但毕竟也是久经沙场之人，颇有谋略，非是赵祗之辈所能比。赵祗虽然是张让十分得力的手下，毕竟并没有真正叱咤沙场、攻城掠地，对于打战并不是很在行。
本来益州的一切都在张让、马相等人的预算之中，但是张让、马相千算万算，却没有算到杨奉手下还有像张任、徐荣、严颜、高顺这样的帅才，能够将马相亲率的十多万大军成功挡在武都、汉中二郡之外，形成了持久战。
这样便使得益州的形势成了马相在北面欲进无路，欲罢不能，而赵祗在南面的形势却不容乐观，随时都可能面对张乔的强大的****。一旦张乔积聚力量进行****，赵祗必然难以抵挡，马相也不得不回军救援，这样益州黄巾便会陷入两面夹攻的困局，这是马相最担心的问题。为此，马相心中早就把张让的十八代祖宗骂了一个遍，竟然派了赵祗这么一个不懂打战的人来益州，才使得自己陷入了如今的被动。
果然，马相的担心不是多余的，在和赵祗进行了一个月的激烈的对抗后，张乔基本摸清了赵祗的底细，知道此人以前必然没有带兵打过仗，心中便有了计较，同时也在暗中积攒力量，准备在适当的时机发起对赵祗的致命一击。
又在半个月后，郭太领导的白波黄巾军被丁原和吕布全歼的消息传到了益州，更加使得马相对这次的起义失去了信心。
而张乔正是抓住黄巾军在得到这个消息之后，军心不稳的时机，率军突袭赵祗大营，赵祗完全没有提防，一夜之间，赵祗的八万大军土崩瓦解，除了赵祗率领三千亲骑拼死杀出重围，还有死伤的三万人马之外，剩下黄巾余众在赵祗逃走后，全部投降。
拼死杀出重围的赵祗在逃到马相的大营之后，也没能保住性命。在听到赵祗的叙述后，怒火冲天的马相马上命人将这个成事不足败事有余的赵祗给砍了，杀了赵祗之后，余怒未消的马相依然还不解恨，又命人将赵祗手下的三千亲骑尽数杀死。
赵祗既然兵败，马相便只能孤军奋战，益州之事已不可为，但是马相却没有想出如何解决目下的困局。因为，赵祗兵败，张乔的大军必然很快就就会来到此地，到时候自己将会被两面夹击，益州兵败已经成为定局。
于是，令人搞笑的事情发生了，在一个早晨，益州黄巾的首领马相突然消失不见了，十几万大军一下子失去了指挥，成了没头的苍蝇。张任、高顺在探得消息之后，当机立断，率军杀出，黄巾军由于失去了指挥，在官军突然杀出的情况下，纷纷跪地请降。
武都郡之围解了之后，张任、高顺立即率军前往汉中，与徐荣、严颜里应外合，将马相派出的围困南郑的五万大军歼灭殆尽。整个过程下来，也不过五日的时间，武都和汉中之危便已经解了，益州黄巾之乱也被成功平息。
武都郡太守习凯也在此战中被张任施计害死。
原来，在张任的要挟之下，习凯不得不亲临城头安抚军心，指挥战斗。其实武都军的官兵都是张任从汉中带去的，岂能需要习凯安抚军心，于是，在刚刚安抚完军心之后，习凯便在抵挡黄巾大军攻城时被飞矢射中，“壮烈牺牲”了。
为了能将武都郡掌控在自己手中，在益州黄巾之乱后，杨奉趁机一方面向刺史张乔推荐张任出任武都郡太守一职，一方面请大将军何进在灵帝面前进行推荐。本来张乔与杨奉的关系就不错，当即就向朝廷推荐张任，而大将军何进也是推荐此人，灵帝于是准奏，自此武都郡便名正言顺地落入了杨奉的手中。
由于汉中都尉张任在平定这次益州马相叛乱的过程中战功卓著，并且又由何进和张乔两人同时保举张任为武都郡太守，汉灵帝便下旨任命张任为武都郡太守。于是，武都、汉中二郡从此便是完全在杨奉的掌控之中，杨奉也算是吃了一颗定心丸，安心留在洛阳。
其实杨奉留在洛阳也没什么意思，此次全国各地虽然黄巾乱起，但是由于杨奉和皇甫嵩二人的坐镇，没有一个敢进攻洛阳，甚至于说司隶地区。是以这次所有的叛乱都是在冀州、青州、徐州、益州等州发动，所以，杨奉在洛阳基本上都是和何进以及其党羽在一起。
说起何进的党羽，要数皇甫嵩、袁绍和曹操最为何进所倚重，这也是何进善于识人之处，皇甫嵩就不说了，袁绍现在只是都门校尉，曹操也只是一个骑都尉，都不是什么重要的职位，但是何进却能够看得出两人之才，他日绝非池中之物。
其实，何进的党羽岂止只有皇甫嵩、袁绍和曹操，像其弟车骑将军何苗，助军左校尉赵融，右校尉淳于琼，大将军司马许凉，主薄陈琳，京兆尹王允，谋士逢纪、何J、荀攸（就是前文所说的为何进策划的幕僚），虎贲中郎将袁术，还有曾拜中郎将而现任尚书的卢植（卢植也是和皇甫嵩一样，投向了何进的阵营）。杨奉和曹操投靠何进毕竟时不长，并不像袁绍一样被何进倚为心腹，在没有完全确定二人的忠诚度的情况下，何进也不会将自己的实力过早暴露给二人。
曹操曾经和杨奉一起战斗过，知道杨奉是一个厉害的角色，何况大家现在又都在一个阵营下，当然是刻意结交。袁绍此人向来是十分看重身份的，但是杨奉虽然没有袁绍四世三公的显赫身世，但杨家虽然比袁家不如，却也算是三世三公，加之杨奉的姨父丁原也是一州刺史，杨奉更是身为一郡太守，又是乡侯的身份，所以，单以杨奉和袁绍作比，丝毫不比袁绍差到哪里去，所以三个人经常在一起饮酒作乐，倒也痛快。
何进对三人甚是倚重，见到三人关系如此亲密，心中更是欣喜。毕竟袁绍还怀有何进的密令，尽量牢笼两人，并且要弄清楚两人到底是否确实真心投靠。袁绍和曹操自小就在一起，关系一直很好，不疑曹操有他，所以袁绍对于杨奉则是尽量为何进拉拢，并一直在调查杨奉的情况。