下一步就要开始抽查士兵识字的情况了，王体乾赶紧跪下说道：“圣上，奴婢犯了欺君之罪，请圣上处罚。”
朱由校很奇怪，问道：“什么事，起来好好说。”
王体乾不敢站起来，叩头说道：“上次圣上问三个月每个兵卒认一百个字有没有难度，奴婢说没有，而现在奴婢已经用了五天，还有很多人两个字都认不了。”
“一天认一个字，五天也能认五个字，怎么可能两个字都认不了呢？”
“奴婢是让他们每天认一个字，可是第二天他们就把前面认的字忘记了，很多人都只能认得当天学的那个字，所以五天也只能认一个字，奴婢想如果是十天半月，只怕也只能认一个字。”
“起来吧，你想错了，越到后面，他们认字就会越容易，三个月没到，你怎么能断定他们不能认一百个字呢？再说，他们认不到一百个字，也不能算你欺君的，你是按照你自己的来估计他们的水平，又不是故意欺骗于朕，有心欺朕才是欺君。”
“圣明无过圣上，奴婢谢主隆恩！”王体乾又叩了几个头才站起来，抺去了头上的冷汗。然后叫来几个学得比较好的给皇帝检查。
王体乾拿了几张大纸，一张上面一个字，然后给那几个士兵看，士兵们读：“一”，“切”，“为”，“了”，“皇”，“上”，“大”，“明”。这家伙倒是会拍马屁，首先让士兵认的字是“一切为了皇上，一切为了大明”。这马屁拍得朱由校是龙颜大悦，魏忠贤偷偷对着王体乾竖起了大拇指。
朱由校表扬了王体乾，然后对杨光夔道：“你们一起合议一下军制，如果有统一意见，就报给朕，如果有不同意见，各自一一写明再报给朕，这是一个新兵种，要结合这种武器的特点来制定军制。等士兵基本训练完成后，根据他们的训练成绩和文化成绩来选各级军官。”
第三天杨光夔将奏折呈了上来。这次倒是只有一种意见：一队十一人，设队长一名，伙夫一名，三队为一旗，设旗总一名，三旗为一司，设百总一名，并有炮兵二十名，带虎蹲炮六门，灭虏炮两门。三司为一局，设把总一名，三局为一营，设千总一名，军法官一名，并有炮兵十五人，带重型佛郎机炮三门。一营共一千一百二十六人。
基本上是参照戚继光的编制来的，朱由校不想要这样的编制，于是找来杨光夔几个，重新提要求，最后就成了这个样子：一队十一人，设队长一名，三队为一旗，设旗长一人，副旗长一人，三旗为一司，设司长一名，副司长一名，军法官三名，并设一伙夫队共十人，医官一名。三司为一局，设局长一名，副局长一名，三局为一营，设营长一名，副营长一名，信号员三名，一营共一千一百人。
至于炮兵，则是建专门的炮兵营，一队十三人，带三十斤虎蹲炮六门，设队长一名，三队为一旗，设旗长一名，并加百斤灭虏炮六门（二十四人），三旗为一司，设司长一名，副司长一名，教官一名，并加重型佛郎机炮六门（三十六人），三司为一局，设局长一名，三局为一营，设营长一名，副营长一名，军法官一名。一营共二千零八十五人。至于骑兵，也是按照步兵的编制组建骑兵营。
然后就是辎重营，这个以前是没有的，但朱由校觉得这个很重要，所以将京营青壮挑选后，体质稍差的转为辎重兵，编制很简单，十人一队，设队长一名，三队为一旗，设旗长一名，军法官两名，三旗为一司，设司长一名，三司为一局，设局长一名，三局为一营，设营长一名，副营长一名，一营共九百零五人。辎重营有的是分配在炮兵和骑兵中的，一个炮兵司分配一个辎重司，一个骑兵局分配一个辎重司。也有的辎重营是单独成营，负责弹药粮食的运输。
无论哪一个兵种，全体兵卒都必须练习短枪刺法和火枪用法，炮兵和辎重兵也不例外。
各个部队中的医官，由京营选人，要求是识字灵活，集中到京营中由太医院抽调年轻太医来教授简单的医护方法。王承恩作为皇帝的代表充任了教授，主要教授医官如何根据血流颜色急缓来止血，如何包扎伤口，特别叮嘱，一定要用煮沸后再晒干的布条进行包扎。然后兵卒要多洗澡，驻地必须修好茅房，医官要负责制订好卫生条例。朱由校至少还是知道动脉出血和静脉出血的区别的，也知道感染害死的人应该比直接死在战场上少不了多少，传染病害人那比战场厉害多了。他所传授的这一些小常识，医官掌握了，再教给士兵，在战场上那就能救活很多人。
朱由校是一个唯制度论者，前世有人说制度重要，但执行制度的人更重要。他倒不这样看，他认为，好的制度，应该是保证其能持续执行的制度，但现在制订之初，那就只能靠自己来保证执行了。最后他对各位将领做了一个总结发言：“朕想要让兵卒做梦都要按条例来，这样的军队，才是真正的能战的军队。朕相信，各位跟随朕要建立的就是这样一支雄师。”
大家一起用翻手礼向他敬礼，大声叫道：“一切为了大明，一切为了皇上。”朱由校回礼：“一切为了大明。”
朱由校倒是说到做到，一有时间，他就会来京营看操练。士兵们一直都在练短枪，一个月里，少数人已经能做到喊哪刺哪了，大部分还不能做到。他命令做到了的士兵都赏一枚刺杀一级勋章，勋章用铁做成，一个小小的圆形，中间是一把刺刀的样子，下面有一个阿拉伯数字1.
他又让获得勋章的士兵给其他的士兵讲述，自己是如何做到的，并且帮助他们提高，这样做效果很好，更多的士兵掌握了刺杀技巧。两个月后，所有的正兵都获得了刺杀一级勋章。