这样的解决方案当然是让所有人都满意，特别是颜思齐，面子里子都有了。他心里对卢象升充满感激，说道：“卢总长才思敏捷，思齐佩服。”
只有满桂有些不高兴：“陛下，那臣怎么办呀。天天在京城里都养胖了，等两年真的提不动刀了。”
他这么一说，其他将领也嚷嚷了起来。朱由校无奈地说道：“参谋总部还没有正式成立，朕还要和孙兵部、卢总长、熊先生和各位将军们仔细商量，将近卫军进行改组，在全国划成不同的军区，比如曹将军的黑龙江将军就是黑龙江军区的将军。你们很快就要奔赴各地，到时有你们忙的时候，怕什么髀肉复生。”
五天后，在兵部议事堂，召开了全军少将以上的军官会议，所有在京的将领都参加，会议由孙传庭主持。
朱由校将大明国内划分成六大军区：管辖北直隶和山西山东河南及辽西的北方军区，由周遇吉任北方将军。管辖陕西，朵甘思宣慰司，乌思藏宣慰司的西北军区，由满桂任西北将军。管辖四川，云南，贵州的西南军区，鲁钦任西南将军。管辖湖广，广东，广西，江西的南方军区，杨光皋任南方将军。管辖南直隶，浙江，福建的东南军区，赵率教任东南将军。管辖黑龙江流域包括辽东的黑龙江东方军区，曹文诏任东方将军。
除了这六大军区外，还设有海军军区，象颜思齐便是北海东海总督，包括济州，新州在内的整个东海北海海域都是他的管辖范围。而郑芝龙则是南海总督，包括琼州岛，吕宋各岛，越南及周围的各处海域都是他的管辖范围。至于张千方则因为已经出洋而暂时没有封号。
大明兵部参谋总部正式成立，卢象升任参谋总长，熊廷弼和杨光夔任副总长。白健森和李德林为少将参谋官，带领以下各级参谋员。
每个军区按照其管辖范围分配数量不等的常备军，常备军以师或者旅为单位每三年一轮换，而将军府及其下的各地分处则为固定组成，这些都属于护卫军。
而除了护卫军以外，各军区还有由兵部直管的野战军。平时各军区将军负责野战军的训练和后勤供应，但无权指挥野战军。如果有战事发生，则由参谋总部派将领组成野战兵团，但战后会立即解散野战兵团，这就让各大军区将军无法将军队变成自己的私人部队。
孙传庭宣布完毕后，朱由校开始讲话：“建奴已灭，我们很多军官担心没有仗打了，是不是要刀枪入库马放南山了。朕要说，我们还有很多仗要打，很多地方要占，很多东西要抢。这话文官们不爱听，好在这里只有孙兵部一个文官，他没有关系，他爱听。”
众将一起大笑鼓掌，都觉得皇帝这话实在是太妙了，不抢地方不抢东西打什么仗，以前建奴抢我们的地方杀我们的人，我们就要反抢回去，反杀回去，这样才会爽。朱由校等掌声稍息，又接着道：“我们现在有两个进攻方向，一个是向西北，一个是向东南。蒙古人已经没有了当初的锐气，但是他们占着的地方太大了，北方的草原我们可以不要，因为我们不擅长放牧。但河套之地，自古以来便是我中华领土，必须收回，此事朕已经知会了林丹汗，但林丹汗推托鄂尔多斯部不听从其号令，无法让出河套地区。”
“既然你们不能让出河套地区，那我们就自己来取吧，所以下一阶段我们在北方的重点便是复套。此事牵涉到北方军区和西北军区，参与战斗的军队将从这两个军区里挑选，争取在三年之内收复河套地区。”
“至于东南方向，便是东方领土的收回及海外领土的开拓。此事牵涉到东方军区和整个海军，东方领土由曹将军负总责，北海舰队予以协助。南方海外则由南海舰队在南海经略的命令下行动，将整个南海变成我大明的内海，所有的有敌意的西方人都必须赶将出去。”
“朕负责提出要求，参谋总部负责制定计划，协调兵力，组织军队和保障后勤，具体的战斗便要由各位将领来实施了。非军功不得封爵，这是一条铁律，相信不久以后，你们中会出现很多的伯爵，侯爵甚至公爵。”
众将都大为振奋，虽然封爵不是世袭，但这种荣誉对于大明人来说是具有致命的吸引力的。大丈夫在世，当凭手中刀枪，搏出个封妻荫子，才不负这一世。
此次会议过后，便是繁杂的全国军队大调动。这次调动对于东方军区和东南军区倒是简单，东方军区全是新收回的地方自然是不必说，东南军区原来的军力已经差得无以复加，卫所里十中留一已经算是很不错的了。所以朝廷一纸诏令便将各个卫所关闭掉了，也相当于是重建，但其它军区便没有那么简单了。
第一个便是各地土兵的定位问题，这牵涉到了西南，西北和南方三个军区，而其中最麻烦的便是西南军区。自奢安之乱后，西南反叛土司已经被打怕了，而且在洪承畴的屠刀之下，大家也熄了造反的心事，只留下少量的土兵来供自己作威作福。而秦良玉的白杆兵则成了西南最多最强的一股力量了。
秦良玉被封为忠贞伯，对她的忠心，朱由校因为前世所知道的一些事，是绝对放心的，但其它的官员和将领则没有这种信心。非我族类，其心必异这种观念，以前是文官们念叨得多，但现在武将也受了影响。所以鲁钦专门提出了这个问题，要请皇帝和兵部一起给个准话，到底如何对待白杆兵。
朱由校道：”这件事你可以放心，朕早就给忠贞伯去了信，征询她的意见。她已经回信，愿意让白杆兵成为西南地区的野战军，要彻底将西南地区安定下来，不打仗是不可能的，到时你麾下可就有了一支在当地战无不胜的精兵可用了。“