据宗棠疏，郭嵩焘在外国所进言，自缘不知国内事实，且亦言“数月内果能扫荡，即无异说。倘有阻滞，则趁此议抚，亦省力之一法”。此尚不足深论。其时国内主弃南八城者，实为旗人，故知旗人以新疆为私擅之汤沐地，不得擅则颇欲割弃，盖不服其徒为汉人见长地也。时有库伦大臣志刚上言：“西事今昔不同，虑其阳不与我争而阴助之。宜于天山南北，安置兵勇，招徕农商，为深根固本之计。然后与两大从长计议，划定疆界，庶不至与接为构，进退维谷。”廷臣议者，亦皆谓“西征耗费过多，乌城、吐鲁番既得，有屯兵之处，当众建以为藩篱，借省兵力”。宗棠贻书总署争之；诏统筹全局，密速奏闻。宗棠乃合对俄对英，陈其利害。略言：“我朝定鼎燕都，蒙都环卫北方，而后畿甸宴然。盖削平准回，开新疆立军府之所贻也。
重新疆，所以保蒙古；保蒙古，所以卫京师。新疆不固，则蒙部不安，匪特陕、甘、山西各边，防不胜防，即直北关山，亦将无晏眠之日。况今俄人拓境日广，由西而东万余里，与我北境相连，仅中段有蒙部遮阂。徙薪宜远，曲突宜先，不可不预为绸缪者此也。高宗平定新疆，拓地周二万里，一时不能无耗中事西之疑，圣意坚定不摇者，扩旧戍之瘠士，置新定之腴疆，边军仍旧，饷不外加，疆宇益增巩固，可为长久计耳。今北路已复，唯伊犁尚未收回；南路已复吐鲁番全境，只白彦虎偷息开都河西岸，喀什噶尔尚有叛弁逃军，终烦兵力。此外各城，如去虎口而投慈母之怀，自更无抗颜行者。新秋采运足供，余粮栖亩，鼓行而西，无难挈旧有之疆土还隶职方矣。
英虑俄蚕食其地，有所不利，我收复旧疆，兵以义动，彼将何以难之？设有意外争辩，枝节横生，在我仗义执言，决无挠屈。新疆全境，向称水草丰饶、牲畜充牣者，北路除伊犁外，奇台、古城、济木萨（济木萨后改孚远县），商民散勇，土著民人，聚集开垦，收获甚饶，官军高价收取，足省运脚。余如经理得宜，地方有复元之望。南路各处，以吐鲁番为腴区。八城除喀喇沙尔地多硗瘠，余虽广衍不及北路，饶沃过之。今已复乌鲁木齐、吐鲁番，虽有驻军之所，而所得腴地尚不及三之一。若全境收复，经画得人，军食可就地采运，饷需可就近取资，不至如前此之拮据靡措矣。地不可弃，兵不可停。饷事匮绝，非速复腴疆，无从着手。至为新疆画久安长治之策，纾朝廷西顾之忧，则设行省，改郡县，事不容已。恳敕户、兵两部，将咸丰初年陕、甘、新疆报销册，及新疆额征、俸薪、饷需、兵制各卷宗，由驿发交肃州，俾臣得稽考旧章，斟酌时势，以便从长计议。奏请定夺。”wutu.org 螃蟹小说网
奏入，议乃定。盖英人之无理要求，本尽出中国人情理之外，乃旗下亲贵自有此主张，而朝士或附和之，足为外人张目耳。时金顺又有“愿以本军，乘俄用兵土耳其，袭取伊犁”之议，宗棠则贻书总理衙门，谓“北路兵力未必足恃，即有把握，亦无容舍堂堂正正之旗，为乘间抵隙之计。纵目前因事就功，将来必更难了结”，乃止。于此知宗棠决不冒昧图功，非万全不力主其说也。
是年八月朔，锦棠遣军启行，趋开都河。白彦虎已壅河漫流百余里，阻官军，师行绕道百余里始达。九月朔，抵喀喇沙尔。城内缠回，已为白彦虎掠去，城中水深数尺，庐舍荡然，招回避乱之蒙古数百人，令迁幕至开都河东，以实后路。初三日，收复库尔勒城，城亦已空，掘窖粮得数千石，救食乏。侦贼知所向，待粮三日复进。及之，则步骑数万，以远镜瞭之，持械者才千余人，余悉老幼回民挽车牛杂沓以随。乃下令唯执械者斩。寇委难民去，追及，败之，遣军护难民还。初十日，再及贼，败之。次日，收库车。自库勒尔六日驰九百里，拔难回约十万，宗棠遣员随军设善后局，招耕收，筹籽种，治涂造船，以通商贾，缠回争思归附。
白彦虎经拜城，与安夷夷目掠城外缠回，城内回闭关拒之。十五日，官军至，拜城回开城迎降。十六日，追及贼于上、下铜厂，连败之。十七日，度戈壁百四十里。十八日，薄阿克苏，城回十万出降。白彦虎见官军日近，乃与安夷分窜，冀各缓其死。安夷窜叶尔羌，彦虎窜乌什。锦棠不以寇分而自分其兵力，乃令数将缓安夷而专追彦虎。十九日，行戈壁八十里，俘其渠马有才等。二十日，再败之乌什城东，遂复乌什。彦虎仍由布鲁特边遁喀什噶尔，与安夷合。于是东四城皆下。东四城者，最西乌什，稍东阿克苏，迤东而库车，而喀喇沙尔是也。东四城距三千余里，以二十日取之。锦棠开西宁道缺，晋三品京卿秩，备大用，余诸将给奖有差。
十月初二日，张曜军由喀喇沙尔进库车。有回酋麻木尔，自库车南之沙雅尔遁还阿克苏西南之哈番。至是，谋袭库车官军。锦棠自阿克苏侦知之，初七出兵，初九日击哈番回，破之，解散其众，麻木尔受创遁。时西四城犹在安酋手：伯克胡里自踞喀什噶尔，其南英吉沙尔，又南而偏东叶尔羌，再南而东曰和阗，和阗距喀城最远，其伯克名呢牙斯，围叶尔羌以应官军。伯克胡里愤甚，率众救叶尔羌，呢牙斯败走，降张曜军。伯克胡里进踞和阗，其留守喀城酋名阿里达什，于白彦虎之失乌什而来投，拒不纳，而喀城原有从逆之守备何登云、章京英韶，及满、汉兵弁数百人，守汉城反正，使使迎官军。阿里达什保回城以攻汉城，告急于和阗。伯克胡里方以复保西四城向外国英、俄两边告捷，闻警，弃和阗奔回喀城之回城，且先属收纳彦虎自助。锦棠方自阿克苏遣军将攻叶尔羌，而喀城汉城反正并告急之使至，乃分军三道取喀城，期以十一月十四日入喀城。十三日日中，两路进取之军皆抵喀城，距数十里之外。
锦棠自统之兵，方进驻叶尔羌、和阗间冲要，以为声援。贼候骑猝遇官军，急归呼言“大军至矣”，缠回皆骇溃，安酋禁杀不能止。安、白两酋皆逃走，其党犹城守。夜三鼓，军抵城下，骑贼出战，汉城降弁凭城大呼助威，贼大败，守城贼亦尽走，未明而克喀城。追获著酋于小虎、马元、王元林等。白彦虎、伯克胡里及阿里达什遁入俄。锦棠师截歼逸贼，疾驱而前。十七日，复叶城，二十日复英吉沙尔，二十九日复和阗，于是南疆西四城皆下。俘故帕夏四子、三孙及妻子，按律治之。磔于小虎、马元、麻木里及倡乱之金相印父子于市。诛悍党安回、缠回、陕甘回千一百六十六人。新疆平。以次查各城流寓番夷，英国有商官、商人凡十人，乳目国有洋操教习二、商三，阿拉伯人三，皆给资遣还国。印度痕都斯坦及回部各国人五千余，去留听自便。希鲁特本分十九部落，喀城西北五部落已附俄，其余十四部落附安集延，至是附安者求内附，纳之。嗣是，四年十月、五年正月，俄迭纵逋回犯境，皆擒斩极多，并由回目捕献其来寇之酋阿里达什，迨俄交还伊犁约定后乃已。新疆之改行省，亦在俄约定后，事由锦棠主政。
（三）云南回。回之变也，多由聚族而居，与汉人痕迹不化。始而以汉藐回，迨天下多故，则以回仇汉，而汉人无以御之，则变作矣。故回有地域与宗教之系著，陕、甘、新疆尚不尽一气，云南与陕、甘、新，更隔绝自为一系。湘中良将，未暇及此。贵州平苗，尚出湘军之席宝田、刘岳昭辈。戡定滇回，大功成于岑毓英；岳昭虽督云贵，亦唯虚己听之。毓英自有部属，自有节制。盖唯此一隅，不在湘军建绩之列。
今先言滇事之起因。滇自汉至于唐初，亦为中国郡县地。《新唐书·地理志》：“戎州、姚州及泸州三都督府，所隶诸蛮州九十二，皆无城邑，椎髻皮服。唯来集于都督府，则衣冠如华人焉。天宝末，诸蛮中南诏蛮蒙氏据有其地，旋自立国号大理。”辗转易姓改号，自五代石晋至宋，皆称大理国。宋末，元起北方，当理宗宝佑元年，即元之宪宗三年，灭大理，复为蒙古统地。时蒙古尚未取宋，先有云南。其色目种人，自西域回部移来者至夥。云南回民之多，盖自此始。回汉相仇之事，自来不可胜数。至道光间，汉回互斗，焚杀几无虚日。
贺长龄为云贵总督，二十五年十月，永昌府又有回匪纠众肆掠之事。迤西道罗天池杀戮永昌回民，指为内应，歼除几尽，回益怀愤报复。长龄以办理不善降调，代以李星沅，稍理其纷，未久调任两江，又代以林则徐。是时梗法为暴者，与其谓为回民，宁谓实由汉民改变，回以被迫而控之官，省不能理，至控之京部。官不庇汉以虐回，提犯鞫讯。而汉民先以毁官署，劫狱囚，搜杀回户，拆桥梗道，抗敌拒捕闻矣；唯亦有回人滋事者。则徐所谓“止问良莠，不问汉回”，自是正办。然粤乱渐炽，贤长官不能久任滇中。汉回相仇，回以种族、宗教之结合，心力易齐；汉以各地之土豪，逞其势力于一地，至回合各地以成众，则声势不相侔矣。于是遂成十九年掘地僭号之祸。
僭号之回为杜文秀，以大理为都，久攻始下。其在道光时，则受汉民所欺压，挺身赴京控诉，而为呈首者也，非不奉法之乱民也；后又助林则徐缉获乱党，且有功于平乱者也，此事近罕知者。
金安清撰《林文忠公传》：保山回民滋事，公奏亲临督剿。……中途闻弥渡有警，乃疾趋先击之，一鼓扫荡。保山匪徒闻风震慑，公未至，即呈请缚献。公素侦知首要各犯姓氏。别有杜文秀者，机警多智，曾入都控滇事，公抚而遣之。入贼巢，按名就缚，无一人遁。公详列各犯罪状，五雀六燕，悉当罪。即汉民有勾煽附和先事凌激者，亦一一穷治之。中外詟服。
此言缉回犯，以杜文秀为眼目，所得悉当罪。别言汉民有犯法者，所以别于文秀所侦之回。文秀赴京呈控者汉人，若缉汉犯，自不能托之文秀，然则文秀以回人缉回犯，不以同教推诿，其初固深自效于大吏者。但保山之役，罪在地方官过于袒汉，多戮回人，犯法亦以汉人为甚。文秀即为保山事京控，其助官缉犯，当是保山以外案犯。录《国史旧传·林则徐传》。
（道光）二十七年，升云贵总督。时云南汉回互斗垂十数年，焚杀几无虚日。则徐抵云南，适回民丁灿廷赴京叠控保山县汉民沈振达，串谋诬害，劫杀无辜。经地方官提犯鞫讯，汉民遂纠众夺犯，毁官署，劫狱囚，搜杀回户，拆澜沧江桥，道路以梗。永昌镇、道举兵往擒，汉民遂拒捕。二十八年，则徐督兵赴剿，途次闻赵州之弥渡有客回勾结土匪滋事，遂就近移兵剿之，破其栅，殪匪数百，并抚恤受害良民。赵州底定，保山民闻风慑服，缚犯迎师，则徐按其罪重者百数十人，立诛以徇；复乘势搜捕永昌、顺宁、云州、姚州历年拒捕戕官诸匪千余名，置诸法。
据此，知汉回仇杀，在云南历年已久。保山为汉人犯重，他处回犯正多。传言京控者为丁灿廷，据则徐奏议，则丁灿廷与杜文秀皆为迭次控辞呈首。
则徐有饬提永昌京控人证未据报解情形片，内言：“两起回民京控，钦奉谕旨，交臣等审办。其原告丁灿廷等一起，于十月十七日由部咨解到滇。又杜文秀等一起，亦于十一月初三日咨到。”
是两起京控之原告，文秀确居其一也。
则徐又有审明丁灿廷等两次京控折，内言：“十一月内，又准部文，奉旨：‘此次复据云南回民杜文秀等控告匪棍刘书等，挟嫌借端，诬控从逆，致被搜杀抢掠。迨招抚回籍后，又被杀害多命等情。’”
文秀等所控，亦不尽系汉人。文秀之未婚妻，即为回人带去窝藏，并杀其妻父，但为署知县嗣代府事之知州恒文所用之家丁名黄溃者为之，并经惨杀其家多命。溯其起衅原因，则缘道光二十五年四月间，有已经歼毙之陕省回匪马大等，在保山板桥地方唱曲讥笑汉民，被逐起衅。汉回互相纠众，仇杀焚掠，经永昌文武带兵往拿。回匪率众拒战，戕害大小营员及兵练多人。各处汉村回塞，彼此互烧。其烧毙杀毙之人，事隔数年，难以追查确数等语。此唱曲，必是山歌。南方山歌，原有专练相骂歌无数，彼此以歌词多而恶毒，层出不穷为胜。若在惯用械斗之处，必为启衅之一大原因。至其助乱壮胆之资，则又有紧皮药，服之刀砍不进，枪打不透，此似即义和拳等方法。今之大刀会、小刀会，亦多有此语。昔之小说所谓金钟罩、铁布衫等法，似亦其类。
道光二十九年，林则徐告病去滇。明年，金田事起，朝廷不暇多问边远事，不成兵祸者不见官书。而于咸丰三年六月，东川府属回起事，总督吴文镕带兵出省剿办，报迭有斩馘，其首匪马二花仍不获。至九月，滇督已易罗绕典，匪尚据东川之翠云寺、小雪山。护总兵王国才奉檄穷剿，擒获马二花及余匪，安插难回一万三千余人，东川、寻甸始平。具见国史馆罗绕典、吴振棫等传。可知回变历年未息。是时中原骚乱，邻滇之黔、桂两省亦群盗纵横。滇省内又有猓夷、夷等出掠。朝廷以全力御太平军，远省之兵事饷事，听省自为计。大吏坐困无术，则听将领料民为兵，就地征饷。骄将悍弁，所以对地方者益不可问，五年而杜文秀起迤西之蒙化厅矣。