太平军陈得才合捻匪入武关，窥省城，省防标兵多远征，巡抚瑛棨飞章乞援，官文、曾国藩商遣多隆阿或舒保援陕，道远弗能至，民团战败，回勇亦散归，经华阴小张村，伐民家竹为矛，主家噪逐，格斗毙回人二，余逃入回居之秦家村，纠众复仇。会太平军阻渭不得渡，仍出潼关入豫境，而回乱则已酝酿甚炽，汉民亦起相抗，焚杀相踵，村镇往往为墟，诏瑛棨谕解，而由团练大臣张芾亲往，遂被戕于回，由是困城戕官，杀屠万计。同州、西安回焰既炽，凤翔回亦杀汉民与相应。甘肃回皆蠢动。时川、滇土匪，及太平军与捻匪，出入奔窜，多隆阿已入陕，又追剿东还，诏胜保督陕西军，以雷正绾副之。二年二月，甘回陷固原，宁夏、河州、狄道、平罗、灵州皆反侧。旋又围攻平凉。多隆阿既逐贼出陕，仍返剿回。自二月至四月，连战皆捷。八月，甘回陷平凉，复攻泾州。诏趣多隆阿西援凤翔、平凉。九月，解凤翔围，凤翔被围已十四月。
将进剿甘回，而于十月滇匪蓝大顺窜陷盩厔，多隆阿移师困之。盩厔城小而固，大顺百计守御，久不能拔。而陕回慑多隆阿军威，渐西趋。宁夏又有汉回互斗之事起，兵备道侯登云练民备之。将军庆瑞主抚，奏劾登云，勒汉团缴械，回遂夜袭陷宁夏城，登云被害，汉民屠戮无遗。满城隔数里，庆瑞佯为弗闻。次日，灵州回起陷州城，而马化隆本据金债堡，设碉卡，纳亡命，反侧鸱张。宁夏既陷，其酋赫姓，使使迎入城，群回跪道左，咸听命焉。化隆自其父马二与穆大阿浑善，穆大阿浑习新教，临死，以所服白帽红衣授化隆，属徒众归其管束。大阿浑之孙穆三、穆四、穆五，均为新教阿浑，自京师、天津及黑龙江，吉林之宽城子，山西之包头，湖北之汉口，均有新教徒党，潜匿勾引。化隆又自托神灵，妄言祸福，群回倾信之。化隆既起，遂足以号令甘回，厚集其毒矣，时陕回已渐肃清，多隆阿兵若不顿，甘回可以被慑不动。既为由滇入川之蓝匪所掣，而旗员之为将军于宁夏者又助成之，是为陕、甘、回毒尽发之日。
多隆阿攻盩厔久，朝廷以多隆阿行军决胜最神速，怪此役独迟，严旨催督。多隆阿以为耻，三年二月，力攻之，自登炮台援桴鼓，枪伤目，卒克其城。蓝大顺走汉阴，为乡团所截杀。多隆阿以伤重，请以穆图善权钦差大臣，四月，卒于军。朝命西安将军都兴阿督办甘省军务，提督雷正绾帮办。又以杨岳斌为陕甘总督，代熙麟。巡抚为刘蓉，亦湘中名流，督诸将进攻回所陷城邑，时胜时败，此克复彼又蠢起。又艰于粮运，军以缺饷而哗变，即不变亦屡为回所乘。当同治五年间，甘省小麦一石值银一百六七十两，他粮称是。甘既穷瘠，不能不仰给于陕。西捻复入陕蹂躏。六年春，曾国藩檄鲍超霆军、刘松山老湘营西援。超以勇著名，为宿将。松山为王錱旧部，能得錱部勒法，而益以识力胆勇，为后起之异材。国藩之为陕计，为剿捻计，可谓周矣。
顾于是时，鲍超方剿东捻，与淮军刘铭传共扼捻于湖北德安、安陆之间。尹隆河之役，超出铭传于险，铭传耻素轻霆军，而今反倚霆军自救，乃以其失利诿咎于霆军之失期。李鸿章据铭传言入奏。时超已援铭传于围中，续得累胜，自喜有功，忽奉严饬，大愤，引疾解军职。唯松山独入关，逐捻方急，亦不暇问回。岳斌督陕、甘被困，乞养，且陈病。朝廷乃移左宗棠自闽、浙督陕、甘，时为五年十一月。未几，宗棠于武昌途次，又奉钦差大臣之命，且从所请，以按察使刘典改三品卿帮办军务。松山于其时先抵西安，盖五年岁杪事也。甘回乘陕有捻患，时时入掠，逐之则退，去辄复来。刘蓉以事罢，乔松年代。六年二月，回、捻分扰全陕，各路请援，松年无以应，唯奏催宗棠。宗棠顿汉口，募勇未集。陕官绅沥请宗棠速赴，宗棠非于军事饷事有成算不遽进，唯松山一军战捻，所至必胜。盖用老湘营之节制，又倚国藩之饷源。
老湘营者，王錱始起之名也。是时剿捻尚得力，而甘回蔓延，不暇深问。其入陕，则遇辄剿之，亦條进倏退。至六月，宗棠始抵潼关。九月，赴泾西分布诸军，所部近百营。刘松山领万余人，郭宝昌三千人，刘厚基三千人，是为剿捻之师；高连升三千人，刘典五千人，是为剿回之师。杨和贵、周金品三千余人屯凤翔，周绍濂二千余人屯宜君，吴士迈千余人防渭，复以亲兵三千余人、水师千人、黑龙江马队千余人，分屯华州、华阴、潼关、渭南、临潼间，是为兼讨捻、回之师。于是群捻锐意渡河，掠山西以窜畿辅。朝廷召宗棠，宗棠急东下，置回为缓图，而以前之部署皆暂辍，奏以刘典代督陕、甘军，与将军、巡抚联衔奏事，自金锁关移驻省城，诸将均听节度。时肃州亦久陷，甘省遍地皆回。七年二月，刘典以乔松年病免，兼署陕抚，身驻三原捍回，或退咸阳，或回驻三原，遣兵渐击回于北山，寇巢皆尽。六月西捻平，宗棠入觐，所部松山、宝昌等军及喜昌之马队皆还陕。
宗棠之入觐也，帝询平陕、甘期，奏五年竣事，时为同治七年六月。至十月，还西安，既克灭贼期，亦约定竭邻省力供饷，士饱马腾，一洗关、陇饥困故态。盖无此时会，无此信用，无此筹策，皆不足以成之。自宗棠入陕而西陲气象一变。西捻由陕窜晋，寖向畿辅，急于入卫，而又一停顿，至是乃有一全局之规划，与自立不败之把握，则必胜之道在是矣。宗棠既还西安，分檄诸将定屯骑地，兼顾防剿，独留松山一军稍憩于洛阳，待毕婚乃行。宗棠檄由茅津北渡入晋，乘冰过河，径趣陕北。时陕中汉民屯结御回者，久而成盗，遂为陕省土匪。匪以延、绥间董福祥为悍，犯绥德，窥榆林，失业无赖及饥军溃卒附之，众至十余万。十一月，松山至汾州、永宁，购行粮渡河入绥德。匪巢散布大、小理川间，纵横二十里。松山分军攻大理川，自攻小理川，所下匪巢以百数。
度榆林，至靖边，屯定边，又屡败之。匪并窜镇靖堡老巢。松山抵镇靖，福祥之父世猷跪地乞降，旋福祥亦降，收其众十七万，自是土匪无悍股，得专力于剿回。回方自陕麇集陇边庆阳，北通金积，东走陕疆，往来无阻。甘省大帅以抚回为得计，回旋叛旋服，玩弄诸将。陇西士民，望左军如时雨。八年正月，陕境渐平。二月，宗棠移驻乾州，益督诸军西进。时庆阳群回，以董志原为坚巢，十八营凶渠皆聚。宗棠檄诸军克期破董志原，凶渠亦败死相继，乃议弃董志原，并入金积堡。老弱辎重既去，官兵攻之辄下，遂以董志原为入陇诸军驻地，四出收复庆阳、泾州所属，歼回至二万余，获骡马万计，拔难民万余人。三月，诏促宗棠赴泾州受总督印，兼顾秦、陇，以陕事责刘典，边外事责金顺。四月，诸军肃清陕境，宗棠檄分趣陇东，自率亲兵道永寿、邠州、长武以赴泾，开赈恤，集流亡，劝民种秋粮。兵燹遗黎，栩栩有生意矣。
宗棠之檄诸将入陇也，松山独受令由定边趣花马池，盖使径向灵州攻回中最巨之酋，以拔祸本。巨酋以金积堡之马化隆为最。化隆又名朝清，能嗾使群回，而又阳代陕中诸回乞抚，反侧取便利。陇中宁夏将军署督穆图善惑抚议，西宁办事大臣玉通更唯回是听。松山以八月抵灵州，甘回自谓已抚，诣军诉疑惧状。松山曰：“陕回拒命者集此，故来讨。已抚甘回皆良民，何惧？”飞札金积回酋马朝清，告各寨安居无恐，且以甘回十余人前导，示无猜。乃奋击陕回所踞郭家桥，毁其堡二十一。战时甘回恐动，榜堡列队，放枪大呼，松山诫军士勿问。旋径来犯，始开壁击之，回败勿追。陕回既败，窜踞吴忠堡，金积回阴合之，复来犯。松山击之，回败，遂逼吴忠而垒。自是累蹙回，并挠其刈禾。而都中乃有言松山滥杀激变者，穆图善亦疏言马化隆不宜剿，恐激其走险。朝廷疑松山不可恃，命宗棠别派军顾北防，适宗棠报捷疏至，疑稍解。
陕回被攻，辄因马化隆乞抚，令缴马械乃议抚，则出朽枪羸马以应，而昼夜修备如不及。官军尽破金积旁近回垒，乃进攻灵州。先谕化隆令回献城，化隆阳乞展期，陕移灵州眷属入金积，引陕回入城助守。不数日，攻下灵州，并其城南石垒，斩回酋数人，俘获亦夥。十月，西向扫荡狄道、河州间，而驻军安定、会宁、静宁，以通省城驿路。官兵连破回寨，化隆亦连乞抚。十一月，宗棠又移驻平凉。松山督诸军逼金积，尽剪其旁近堡垒。宗棠以平凉、固原、泾州、庆阳急，檄数将领分屯一路要隘，以相犄角。此当时湘中所推左军独以避长围防后路为胜着，正此谓也。化隆屡嗾诸回间道拊官军之背，或断其粮道，皆以有备不得逞。官军得步进步，故失败恒少。九年正月，化隆嗾党返扰陕，一由宁州、正宁入陕之三水，一窜甘泉，与延绥土匪合，于是陕北皆警。朝旨严催宗棠还顾陕。化隆自诩得计。松山攻回酋马五寨，寨大而坚，誓以死拒。松山自督军士举薪烧寨门，飞炮中左乳，诸将奔视，松山叱其出战，遂俘马五，克其寨，还报松山，乃瞑。
松山既殁，所部即以其从子锦棠代将。天生刘氏叔侄以定西陲之乱，以成左相之功，非偶然也。宗棠善与贤者共功名，然遇年辈相临、名位相埒者，则务欲以意气胜之。金陵克城时，以曾军先报洪福瑱已歼，及逸寇皆戳，遂极诋曾军奏报欺饰，致相龃龉。然至西捻平时，有奏云：“臣尝私论曾国藩素称知人，晚得刘松山，尤征卓识。松山由皖、豫转战各省，国藩常足其军食，俾一心办贼，无忧缺乏，用能保垂危之秦，救不支之晋，速卫畿辅，以步当马，为天下先。此次巨股荡平，平心而言，何尝非松山之力。臣以此服国藩知人之明，谋国之忠，实非臣所能及。仰恳天恩宣示中外，以为疆臣有用人之责者劝。”其推挹松山，因而归美国藩。后国藩既逝，宗棠即以此为挽联，所谓“谋国之忠，知人之明，自愧不如元辅”者也。要其用意气结合松山者至矣。
松山卒于同治九年正月十五日，马化隆知之，凶焰顿炽，号召河州、狄道诸回，亦皆受嗾来犯，突陷雷正绾所守峡口垒。又自宁州、正宁窜陕境。朝廷恐宗棠所留兵不敷分剿，诏李鸿章入陕，督办陕省援剿事宜。旋刘典奏陕已肃清，乃止。锦棠益痛击金积内外援应之回。化隆既踞峡口，决渠水灌官军，锦棠预浚沟泄水，因以筑堤困金积。化隆再乞抚，仍嗾回党犯陕，既皆不得逞，尽逐来援诸回益远，金积外援益绝，据濠筑墙以困之。至十一月，力尽乃降，缴出炮数十尊，枪数千杆，金银铜钱合银十九万有奇。又掘地搜得所匿洋枪千数百杆。十年正月，讯得北口贸易交通洋人等罪状，化隆及其子耀邦俱磔死，杀其弟侄等助逆者十三人，及伪官八十余人。其客民及被胁甘回三千余，安插平凉。金积男妇一万二千余，安插固原。毁其王城、东府、西府，搜违制诸物悉焚之。化隆就俘，回党见之，犹长跪，呼之始起。既诛，回势遂瓦解。
金积堡既下，宗棠搜捕平凉以北、宁夏以南回、土余匪，匪尽西窜河州。宗棠檄诸将修治兰州道，利转输，储军火于平凉之静宁，徐图进取。三月，朝旨促进规河州。宗棠以洮河湍急与黄河等，自狄道、陇西、安定进兵，皆须造船架桥，势难立办，且收获期远，前无可因之粮，非稳着也。五月，桥成粮备，乃檄诸将进。锦棠扶榇南旋，以萧章开暂统其军。七月，宗棠移驻静宁。陕回入甘者，自宁夏既平，益窜而西，白彦虎、崔三、禹得彦等巨酋，皆掠西宁旁近；肃州回先已纳降，至是复叛，甘、凉戒严。八月，宗棠复移驻安定，诸将转战，攻毁洮河以西回垒。三甲集在洮西，为河州门户，十月下之，进克数堡。会诸将攻河州大东乡，回献马乞抚。察其未至极窘，非诚意，弗应，迭破四垒。至十一年正月，诸将傅先宗、徐文秀先后战殁，军气稍挫。