漩涡鸣人将宇智波止水安置下来，随便找了一个借口，告诉了未来还存在比六道仙人还强大的敌人，让宇智波止水隐藏在暗处。
漩涡鸣人回到木叶村的时候已经是第六天了，还好这几天没有出什么意外，就是影分身的查克拉所剩无几，只要漩涡鸣人在晚回来一会，影分身就要消失了。
正在上课的漩涡鸣人的影分身受到本体的消息，去上个厕所，然后漩涡鸣人解除影分身，接受影分身的信息后回到教室继续上课。
自从宇智波止水自杀后，宇智波鼬将宇智波止水的遗书带给宇智波的高层，宇智波的高层并不相信宇智波鼬的时候，反而更加放肆，这个时候宇智波鼬已经放弃了对宇智波一族的希望了。
宇智波鼬知道凭借宇智波一族还不是村子的对手，所以为了保护自己的弟弟宇智波佐助，宇智波鼬才会毫不犹豫的灭掉其他的宇智波一族的族人。
而且宇智波止水的死不但没有缓解村子和宇智波一族的关系，反而成为了宇智波一族的导火线，一些不安分的宇智波族人已经开始蠢蠢欲动了。
这一次的灭族行动，漩涡鸣人不准备浑水摸鱼，以他现在的实力，要想在志村团藏宇智波鼬宇智波带土的眼皮子底下去给宇智波止水谋求写轮眼。
就算为宇智波止水弄来了写轮眼，要是在以后因为写轮眼暴露身份可不好，写轮眼可不是宇智波止水的全部实力，在第三次忍界大战的时候，宇智波止水可不是因为写轮眼而成名的，而是他的瞬身术，在第三次忍界大战上宇智波止水也只是施展了三勾玉写轮眼，可没有使用万花筒写轮眼的瞳术和须佐能乎。
大约又过了一年，在这一段时间里面，漩涡鸣人可以感觉到村子里面的政治气氛越来越严重，漩涡鸣人可以清楚的感到那强大的压迫感。
终于一天晚上，漩涡鸣人感觉到空气中弥漫着浓浓的杀意，那是宇智波鼬对那一族的放弃，还有两个邪恶的气息悄悄地来到宇智波一族的驻地。
宇智波灭族的根本原因是终末之谷决战结束后，宇智波一族渐渐显露出对柱间独霸木叶的不满。试图瓦解千手一家独大的局面，千手以及其他族群更是对宇智波斑的叛乱行为耿耿于怀；对宇智波丧失信任、隔阂与日俱增。千手扉间为了避免引起大事、同时又不能对宇智波赶尽杀绝。
宇智波鼬成为了双重间谍，宇智波富岳让他监视木叶高层，相反的，木叶高层让鼬去监视宇智波一族。
以猿飞日斩为首的高层，对宇智波的行动有所察觉，猿飞日斩主张和平解决而不是动用武力，但志村团藏试图歼灭宇智波一族。
实行
宇智波在南贺神社准备发动叛乱，此时，鼬正在神社外的树上监视。同时汇报给木叶高层，高层人员大为惊讶。汇报完后，志村团藏找到鼬并以佐助威胁鼬去灭族，宇智波鼬只能答应。鼬找到了面具人（宇智波带土）计划实行灭族任务但前提不能对村子和佐助动手。
当天晚上，带土用神威来到木叶警务部队前动手，鼬也同时动手杀掉造反的族人。在那之后鼬站在电线杆望着归来佐助感到伤心，鼬回到家中准备杀死自己的父母，但鼬下不了手，父母将佐助托付给鼬，认为鼬是一个“善良的人”。最后佐助回到家中被鼬的幻术击倒。
佐助的眼中恢复了一点
神采，看到面前的鼬大吼着冲向了他，但是他幼小的身体连鼬的衣角都没碰到就被他单手卡着脖子举了起来。
“我愚蠢的弟弟啊，恨
我吧，只有憎恨你才能变强。”“为什么，哥哥为什么”一切都是你的妄想而已，宇智波是被诅咒的一族，为了得到力量不惜同类相残，看到这双眼了吗，只有最爱的人死了才会开启的力量。
“佐助，愤怒吧，痛恨我吧，现在的你还不值得让我杀死你”最后宇智波佐助昏倒在宇智波族地的街道上，而宇智波鼬则是前往了火影办公室见三代火影猿飞日斩。
漩涡鸣人在宇智波鼬灭族离开后来到了宇智波族地，鸣人被眼前的景象惊呆了，虽然已经知道了结果，提前做好了心理准备，但是看见一向干净整洁的宇智波家族遍地都是残砖断瓦，武器和防具碎了一地，到处都是战斗过的痕迹，遍地死不瞑目的尸体睁着猩红的双眼，似乎在诉讼着凶手的恶行。
而宇智波佐助则是昏迷在了族地上，漩涡鸣人知道宇智波鼬刺激宇智波佐助开了一勾玉写轮眼，还对宇智波佐助使用了宇智波鼬万花筒写轮眼里面寄宿的瞳术月读，让宇智波佐助对宇智波鼬产生强大怨恨。
宇智波鼬深知宇智波一族是拥有爱的一族，当失去爱的时候，就会获得强大的力量。
“佐助，快醒醒”漩涡鸣人还是表现的比较惊讶，他感觉到了周围有几股力量正在盯着他，“发生了什么，为什么他们都死了”漩涡鸣人不管三七二十一，抱起宇智波佐助就跑，回到家，就宇智波佐助放到床上。
第四天早上宇智波佐助才醒来，漩涡鸣人已经为他请好了假。“鸣人，我为什么会在这里”“那天晚上我看见你倒在地上，就把你抱回来了，火影爷爷已经和我说过你的事了，真的是鼬哥哥吗”
宇智波佐助听到宇智波鼬的名字的时候眼神突然就变了“别提那个男人，我迟早会杀了他的”漩涡鸣人直接一巴掌扇过去，“清醒清醒你的脑子吧，难道你认为对你如此疼爱的哥哥真的会杀了族人吗？你有没有想过他可能是有苦衷的。你现在已经被仇恨蒙蔽了内心，你应该努力修炼，以后当面找你的哥哥问清楚”
宇智波佐助沉默了，他想起一年前的某个晚上，他的那个出色的哥哥，跪在那些露着丑恶笑容的宇智波族人面前。